Mycobacterium tuberculosis

- Prélèvements de crachats (3 jours de suite, le matin au réveil (voire tubage gastrique)), aspirations bronchiques, LBA pour les formes pulmonaires : caverne tuberculeuse (voire miliaire tuberculeuse)
- LCR, liquide pleural, hémoculture, liquide articulaire, urine … pour les autres localisations : miliaire (septicémie tuberculeuse), méningo-encéphalite, atteintes génito-urinaires, ostéo-articulaires (Mal de Pott), cutanées …
- On utilise des techniques de fluidification (crachats), de décontamination (crachats, urines …) et de concentration par centrifugation

- Milieux spéciaux :
- milieux solides : Lowenstein-Jensen ou Coletsos (œuf coagulé)
- milieux liquides : MGIT, MB-redox, 7H9 …
- Atmosphère aérobie humide sous 10% de CO₂
- Culture lente : 2-4 semaines (les milieux sont gardés environ 3 mois)
- Colonies rugueuses en chou fleur, de couleur crème

Bacilles acido-alcoolo résistants (BAAR) à la coloration de Ziehl-Neelsen (prend mal le Gram, mais structure de Gram +)
Bacilles fluorescents après coloration à l’auramine (ou à l’acridine orange)
Nitrate réductase +
Niacine + (production d’acide nicotinique)

- Antibiogramme en milieu liquide par la méthode des proportions
- Identification d’espèce et de certaines résistances (Rifampicine, Pyrazinamide …) par méthode génotypique : amplification par PCR puis hybridation ou séquençage
- IDR à la tuberculine : met en évidence une hypersensibilité retardée
- Quantiféron® : dosage de l’interféron γ après stimulation lymphocytaire par des Ag spécifiques de M. tuberculosis, mais qui sont absents du vaccin BCG (diagnostic de tuberculose active, latente ou traitée récemment)
- T-SPOT-TB® : test ELISPOT permettant la détection de la production d’IFNγ